Умовний рефлекс формується в неокортексі
Отже, передбачається, що всі інші структури активуються під впливом цієї системи, тобто при утворенні умовного рефлексу тимчасова зв’язок формується тут, в системі амигдала — гіпокамп, і вже звідси активуються через ретикулярну систему як неокортекс, так і всі сомато-вегетативні центри даного емоційного поведінки.
Вище, при розгляді питання про структурні підставах умовного рефлексу, було зроблено висновок, що спочатку умовний рефлекс формується як в палеокортексе, так і в неокортексі. Але в період затвердження тимчасових зв’язків в неокортексі, тобто в період диференціації умовного рефлексу, останній може здійснюватися виключно за рахунок тимчасових зв’язків неокортексу, при повній відсутності емоційного збудження, основного показника діяльності тимчасових зв’язків палеокортекса.